Происхождение фамилии Попков, как и фамилии Трухин (о котором я писал ЗДЕСЬ) так же не очевидно. Но имея уже определенный опыт я путем несложного поиска нашел в статье Н. Чечулина «Добавление к списку имен XVI в.» опубликованной в 1891 году в журнале «Библиограф» упоминание о имени «Попко» имеющем дохристианские корни и имевшее достаточно широкое хождение в XVI веке. Как справедливо пишет автор статьи, «что многия коренныя для теперешних фамилий слова прежде употреблялись в качестве имен». Это верно и для имени «Попко»
Подтверждением этому может служить Отписка Тобольских воевод 1661 г. «О пленных, сосланных в Тобольск с 162 по 170-й г.» где упоминаются «литовские ж люди белорусцы» посланные «на Лену в Якуцкой острог в службу» в 1654 году и среди них МИШКА ОНТОНОВ ПОПКО. Здесь мы видим что имя «Попко» используется уже в качестве фамилии. Отсюда до формы «Попков» всего один шаг. Сын чей? – Попков! В подтверждение этого можно привести следующие примеры:
Осип Васильев сын Попков  ("Книга переписная выбывших после первой ревизии посадских людей, разночинцев, казаков, дворовых, государственных крестьян г. Якутска, Охотского, Зашиверского, Алазейского, Анадырского, Олекминского, Камчедальского, Верхнекамчедальского, Бошерецкого, Удского, Нижнекамчатского острогов, Устинского, Ситкацкого, Верхнековымского, Среднековымского, Нижнековымского зимовьев Якутского уезда. 1748 год").
Ивашка Алексеев сын Попков  ("Переписная (дозорная) книгу Илимского острога 1676 (184) г. ")
Гурка Ананьин сын Попков, Ивашко Леонтьев сын Попков. ("Переписная книга г.Красноярска и Красноярского уезда 1671 года.)
А учитывая что ареал расселения Попковых в Забайкалье начинается из Якутска то вполне резонно предположить, что вышеназванный Мишка Онтонов Попко и является предком Попковых осваивавших Восточное Забайкалье в XVIII – XIX веках. Хотя конечно, если это окажется возможным, этой гипотезе еще предстоит получить документальное подтверждение.